Jesucristo es el fundador, Señor de la Iglesia. Su ministerio de Salvación, Enseñanza, Santidad y Servicio es el fundamento de su Iglesia; éste incluye a la vez el servicio total, colaborativo y cooperativo de sus miembros y los dones espirituales que el Espíritu Santo confiere a cada uno para el ejercicio de ese ministerio total (1°Corintios 3:9).
El tipo de gobierno de la Iglesia Evangélica Universal es Presbiteriano Modificado, vale decir, la iglesia es gobernada por un Cuerpo de Pastores Presbíteros, presidido y representado por un Obispo, quienes son los responsables de tomar las decisiones espirituales y administrativas de la entidad, sin perjuicio de las facultades de las Asambleas Generales de Miembros.
La Iglesia Evangélica Universal reconoce para una mejor administración en el aspecto espiritual los siguientes ministerios y cargos eclesiásticos:
a) El Cuerpo Nacional de Pastores Presbíteros (C.N.P.P.), encargado de dirigir y administrar la I.E.U.: Esta integrado por siete Pastores Presbíteros que se encuentran representados por un obispo, quienes son los responsables de velar por el bienestar espiritual de la iglesia, por el cumplimiento de las doctrinas bíblicas y entregar las directrices a seguir por la iglesia en general y por los distintos departamentos que la componen.
b) Los Pastores Presbíteros: Son reconocidos como ministros plenos de la Palabra de Dios y las Ordenanzas reconocidas por la I.E.U. , esto es, Bautismo por inmersión y Santa Cena. Los Pastores Presbíteros pueden desempeñarse como: Pastor de Iglesia local, Supervisor de Distrito y/o integrante del C.N.P.P. u otras responsabilidades similares.
c) Los Pastores Supervisores de Distrito: Ejercen la representación de la iglesia a nivel territorial, representando en cada distrito el vinculo de unidad de la Iglesia Evangélica Universal.
d) Los Pastores de Iglesias Locales: El Pastorado es un ordenamiento o unción que recibirán aquellos miembros de la Iglesia que hayan sido llamados por Dios al ministerio pastoral (Efesios 4:11-12) y cumplan los requisitos exigidos.
